東京湾や瀬戸内海などは地形や潮流が複雑な上に、タンカーや貨物船、漁船など大小様々な船が多く行き交います。また、各海域毎に異なる航行ルールが課される場合もあり、非常に操船難度が高い場所です。
そこで、そうした各海域特有の航行方法や地形などの事情に精通した水先人免許(国家資格)を持つパイロット(水先人)が船長のアドバイザーとして乗船します。
また、小回りのあまりきかないタンカーなどの大型船は、タグボート(大型船を押したり曳いたりして離着桟を補助する曳き舟)の支援を受ける必要があります。パイロットは各タグボートに指示を出し大型船の動きを制御します。
水先人には湾の入り口から指定航路を抜け港内までの操船指揮を担当するBay-pilotと、港内から岸壁への離着岸を担当するHarbor-pilotがいます。